Po zajęciu Francji przez wojska niemieckie ks. Cegiełka został w październiku 1940 aresztowany przez gestapo (jego funkcję przejął czasowo inny pallotyn ks. Czesław Wędzioch), był więziony m.in. w Paryżu, Trewirze i Berlinie, następnie wysłany do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen, a potem w Dachau. W obozie zetknął się osobiście z założycielem Ruchu Szensztackiego Josefem Kentenichem. Uważany był za duchowego przywódcę polskich księży więzionych w obozach koncentracyjnych; wyzwolenia przez Amerykanów doczekał pod koniec kwietnia 1945 i niebawem powrócił do obowiązków w Polskiej Misji Katolickiej we Francji. Uzyskał m.in. korzystną, długoletnią dzierżawę gmachu dawnego seminarium irlandzkiego w Paryżu, lokując w nim Polskie Seminarium Duchowne. Cieszył się uznaniem władz emigracyjnych i francuskich, czego wyrazem stały się m.in. odznaczenia Złotym Krzyżem Zasługi z Mieczami (1945) od prezydenta Raczkiewicza oraz Legią Honorową i La Croix de Guerre avec Palme od rządu Francji.
W latach powojennych ks.