Jan Paweł II wobec Ağcy Zaraz po zamachu w przekazie nadanym przez Radio Watykańskie papież powiedział: Modlę się za brata, który zadał mi cios, i szczerze mu przebaczamKalendarium życia i służby Jana Pawła II – 13 maja 1981, fragment przesłania papieża dotyczącego modlitwy za Ağcę. Po zamachu papież spotkał się z Ağcą i wybaczył mu winy, jednak nie ingerował w jego proces. 20 lutego 1987 papież przyjął matkę Mehmeta, Muzeyyen Ağcę, na prywatnej audiencji. W 1999 roku Jan Paweł II wystąpił z prośbą o ułaskawienie zamachowca Alego Agcy. W czerwcu 2000 roku prezydent Włoch, Carlo Azeglio Ciampi, ułaskawił Ağcę. Nakazał też jego ekstradycję do Ankary.
Dwa miesiące przed śmiercią papieża, który był już ciężko chory, Ağca wysłał do niego list, życząc mu zdrowia oraz ostrzegając przed zbliżającym się końcem świata. W swojej ostatniej książce Pamięć i tożsamość, Jan Paweł II opisał swoje przeżycia związane z zamachem z 1981 roku. Trzy dni przed śmiercią papieża Ağca udzielił wywiadu, w którym stwierdził, że w spisku na życie Jana Pawła II brały udział osoby z Watykanu, które mu w nim pomogły. Potem jednak zaprzeczył, że udzielił takiej wypowiedzi.