W 2004 otrzymał Złoty Krzyż Zasługi „za wzorowe, wyjątkowo sumienne wykonywanie obowiązków wynikających z pracy zawodowej”.
Był członkiem Rady Nauki (do czerwca 2008 r.), organu opiniodawczo-doradczego Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Jest współtwórcą Pracowni Pytań Granicznych Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza. Przetłumaczył na język polski Ewangelię Marka, wydaną w 2000 jako Dobra nowina według św. Marka, udostępnioną przez autora w Internecie.
Jako jeden z nielicznych księży zdecydowanie mówił w 2002 o moralnej winie arcybiskupa Juliusza Paetza. Został za to ukarany naganą kanoniczną, podtrzymaną później przez Watykan.
W dniach 3-4 stycznia 2007 na prośbę Rzecznika Praw Obywatelskich Janusza Kochanowskiego wraz z red. Zbigniewem Nosowskim i prof. Andrzejem Paczkowskim pracował w składzie komisji mającej zbadać dokumenty zgromadzone w Instytucie Pamięci Narodowej w sprawie arcybiskupa Stanisława Wielgusa. Komisja jednoznacznie potwierdziła, że dokumenty świadczą o podpisaniu przez ks. Wielgusa deklaracji współpracy ze Służbą Bezpieczeństwa.
9 marca 2007 zostało opublikowane Oświadczenie dotyczące zamknięcia działalności kapłańskiej Tomasza Węcławskiego potwierdzające odejście ze stanu kapłańskiego, gdzie znalazły się słowa: