Kryzys gospodarczy lat 90. XX wieku nie dotknął w dużym stopniu Pafalu. Zakład posiadał własne środki pieniężne, zmodernizował park maszynowy a korzystnie zawarte kontrakty handlowe zapewniały płynność finansową przedsiębiorstwu. W 1991 roku Zakłady Wytwórcze Aparatury Precyzyjnej MERA-PAFAL zostały wpisane na listę 400 przedsiębiorstw przewidzianych do prywatyzacji w pierwszej kolejności.
W 1992 roku przekształcono ZWAP „Mera Pafal” w Fabrykę Aparatury Pomiarowej „Pafal” S.A. Fabryka dalej modernizowała się. W 1996 roku przedsiębiorstwo otrzymało Międzynarodowy Certyfikat Jakości ISO 9001:2000.
Zakład jest producentem liczników i urządzeń pomiarowych. Od 11 marca 2004 roku spółka Apator SA z siedzibą w Toruniu nabyła większościowy pakiet akcji FAP „PAFAL” S.A., dzięki czemu stała się spółką w grupie Apator.
Produkty Pafal jest producentem urządzeń pomiarowych, w szczególności liczników energii elektrycznej jedno i wielofazowych, urządzeń rejestrujących, systemów rozliczeń energii elektrycznej.