Kościół św. Agnieszki – zabytkowy, barokowy, kościół rzymskokatolicki znajdujący się w Krakowie, w dzielnicy I Stare Miasto przy ulicy Józefa Dietla 30, na Stradomiu. Pełni funkcję kościoła garnizonowego.
Historia Historia krakowskiego kościoła garnizonowego sięga XV wieku, kiedy to w 1459 roku kasztelan sandomierski i administrator żup solnych w Wieliczce Hińcza z Rogowa wybudował drewniany kościół pod wezwaniem św. Agnieszki, oddając go zakonnicom reguły św. Franciszka z Asyżu. Trzy kolejne pożary zniszczyły doszczętnie drewniany kościół. Na jego miejscu w 1558 roku wzniesiony został kościół i klasztor z kamienia i cegły. 21 stycznia 1561 roku, w dniu święta patronki kościoła, za zezwoleniem papieża Piusa II złożyły w kościele śluby klauzury Siostry Bernardynki.
Do czasu potopu szwedzkiego świątynię dwukrotnie niszczyły pożary i dwukrotnie była odbudowywana. W czasie wojny ze Szwecją, kościół został spalony po raz kolejny (pożary pochłonęły wiele krakowskich kościołów), a po jej zakończeniu wykorzystano zachowane gotyckie mury do budowy nowej, barokowej świątyni. Decyzją szlachty województwa krakowskiego z 30 czerwca 1658 roku, kościół został odbudowany.