14 października 2008 uroczystego poświęcenia nowych witraży dokonał kardynał Franciszek Macharski.
W okresie od maja do sierpnia 2009 kościół został odnowiony i poddany malowaniu konserwatorskiemu. W prezbiterium zostało zainstalowane nowe oświetlenie.
13 sierpnia 2010 roku podczas uroczystej Mszy Świętej z okazji Święta Wojska Polskiego zostały odsłonięte tablice upamiętniające gen. Bronisława Kwiatkowskiego – Dowódcę Operacyjnego Sił Zbrojnych RP i gen. broni Włodzimierza Potasińskiego – dowódcę Wojsk Specjalnych RP – tragicznie zmarłych w katastrofie prezydenckiego samolotu pod Smoleńskiem.
3 października 2013 roku podczas uroczystej mszy wojskowej w kościele odsłonięto tablicę poświęconą żołnierzom 1. Samodzielnej Brygady Spadochronowej, ufundowaną przez Bogusława Rostworowskiego i Marię Vetulani, wykonaną przez rzeźbiarza Bronisława Krzysztofa. 19 stycznia 2020 roku odsłonięto tablicę poświęconą mjr. pil. Stefanowi JanusowiWojciech Zmyślony, Major pilot Stefan Janus „Lopkiem” zwany (1910–1978), Wydawnictwo Gretza, Warszawa 2021.
Przy kościele funkcjonuje placówka muzealna Zbiory Archiwalno-Muzealne Krakowskiego Kościoła Garnizonowego św. Agnieszki.