thumb|Schemat obiegu wody w układzie filtrującym w akwarium: 1. wlot, 2. filtr mechaniczny, 3. filtrowanie węglem aktywnym, 4. filtr biologiczny (tutaj: obrotowy) 5. wylot thumb|Przykładowe materiały stosowane w filtrach biologicznych dla zwiększenia powierzchni czynnej Filtr biologiczny – rodzaj stosowanego w akwarystyce filtra, który wspomaga zachodzące w akwarium lub w oczku wodnym przemiany biochemiczne związane z rozkładem materii organicznej, głównie poprzez wytworzenie środowiska sprzyjającego rozwojowi mikroorganizmów (bakterie, pierwotniaki i grzyby), bezkręgowców i roślin wychwytujących i asymilujących produkty rozkładu materii.
Filtracja biologiczna w akwarium Naturalnym skutkiem funkcjonowania akwarium jest zanieczyszczenie wody. Procesy jej biologicznego oczyszczania to przede wszystkim wychwytywanie i asymilacja cząstek martwej materii organicznej, ich konsumpcja oraz utlenianie do postaci prostych związków chemicznych. Procesy te przebiegają w całym układzie obiegu wody w akwarium, włącznie z podłożem i osprzętem.