21 grudnia 2006 został mianowany przez Radę Bezpieczeństwa Narodowego pełniącym obowiązki prezydenta, choć stanowisko to zgodnie z procedurą miało przypadać przewodniczącemu parlamentu„Turkmenistan: Change Of Leadership Presents Many Dangers”, rferl.org, 22 grudnia 2006.. Pełniący tę funkcję Öwezgeldi Ataýew został uwięziony i oskarżony o „czyny niegodne zajmowanej funkcji”. Wysunięto przeciw niemu zarzuty napastowania, poniżania i podżegania do samobójstwa swojej synowej„Niyazov death sparks power struggle”, Al Jazeera English, 23 grudnia 2006..
Berdimuhamedow, razem ze Zgromadzeniem Ludowym Turkmenistanu, 26 grudnia 2006 ogłosił przeprowadzenie wyborów prezydenckich w dniu 11 lutego 2007. Wobec autokratycznej specyfiki turkmeńskiego systemu politycznego, przeprowadzenie wyborów było działaniem fasadowym, zaś zwycięstwo Berdimuhamedowa przesądzone. Jego pięciu konkurentów do prezydentury pełniło w rzeczywistości rolę kandydatów technicznych;