W polityce wewnętrznej podjął kroki w stronę powolnego odejścia od kultu swego poprzednika i międzynarodowej izolacji kraju. Zezwolił na dostęp do nieocenzurowanego internetu w stolicy i wprowadził zmiany w systemie nauczania. 20 marca 2007 anulował prawo prezydenta do nadawania nowych nazw miastom, obiektom geograficznym oraz instytucjom„Turkmenistan Restricts Presidential Prerogatives”, rferl.org, 20 marca 2007.. W maju 2007 roku usunął ze stanowiska wieloletniego szefa prezydenckiej służby bezpieczeństwa, Akmyrata Rejepowa, EurasiaNet, 16 maja 2007..
W czerwcu 2007 roku Berdimuhamedow reaktywował działalność Turkmeńskiej Akademii Nauk, zlikwidowanej przez Nyýazowa. W kwietniu 2008 roku prezydent zniósł nazwy dni i miesięcy wprowadzonych przez poprzednika„Turkmen go back to old calendar”, BBC News, 24 kwietnia 2008.. W maju 2008 roku zapowiedział zaś przeniesienie złotego posągu Nyýazowa z centrum stolicy, Aszchabadu„Ex-Turkmen leader’s statue moved”, BBC News, 3 maja 2008..