Historia thumb|250px|Ruiny zamku i meczet w Dejr Channa W I wieku istniała w tym miejscu miejscowość Kfar Jochanna (hebr. כפר יוחנה), o której wspomina Talmud i Miszna. W późniejszych wiekach oryginalną ludność żydowską i chrześcijańską wyparli Arabowie. W XVIII wieku lokalny władca Daher el-Omara wybudował tutaj swój pałac.
W okresie panowania Brytyjczyków Dejr Channa była dużą wioską. Podczas wojny domowej w Palestynie w rejonie wioski stacjonowały siły Arabskiej Armii Wyzwoleńczej. Podczas I wojny izraelsko-arabskiej w październiku 1948 Izraelczycy przeprowadzili operację Hiram. W dniu 30 października Dejr Channa została zajęta przez izraelskich żołnierzy. W odróżnieniu od wielu arabskich wiosek w Galilei, nie została ona wysiedlona i zachowała swój pierwotny charakter.
W 1975 Dejr Channa otrzymała status samorządu lokalnego. Doszło wówczas do gwałtownych protestów ludności arabskiej, która sprzeciwiała się zmniejszeniu granic administracyjnych miejscowości. Arabowie twierdzili, że władze izraelskie oddzielały w ten sposób ziemię dla tworzenia nowych osiedli żydowskich. Podczas starć zginęło 7 Arabów. Podczas II wojny libańskiej w 2006 na miejscowość spadły rakiety wystrzeliwane przez Hezbollah z terytorium Libanu.