Aguinaldo wrócił na Filipiny 19 maja 1898 r. i ogłosił wznowienie walki z Hiszpanami. Filipińczycy zadeklarowali swoją niepodległość 12 czerwca 1898 r. i ustanowili tymczasową republikę, której prezydentem został Aguinaldo. Formalne ogłoszenie suwerenności nastąpiło we wrześniu, a dokonało tego zgromadzenie rewolucyjne. Na drodze do suwerenności Filipin stanął jednak traktat pokojowy hiszpańsko-amerykański, podpisany w Paryżu 10 grudnia 1898 r., w którym Hiszpania zrzekła się wyspy Guam, Portoryko oraz Filipin na rzecz Stanów Zjednoczonych
W tym czasie stosunki filipińsko-amerykańskie coraz bardziej się zaogniały. 23 stycznia 1899 r. uchwalona została tzw. Konstytucja Malolos, na mocy której Filipiny stały się republiką. Aguinaldo, który był prezydentem tymczasowego rządu, został już oficjalnie wybrany na głowę nowego państwa.