Do pierwszej reprezentacji Benedict Akwuegbu został po raz pierwszy powołany w 1999 roku na mecz kwalifikacyjny do Pucharu Narodów Afryki 2000 z Senegalem, jednak nie zagrał w nim ani minuty. W kadrze zadebiutował w następnym roku podczas Pucharu Narodów Afryki. Miało to miejsce 23 stycznia 2000 w wygranym 4:2 meczu z Tunezją. Zagrał jeszcze jako rezerwowy w meczach z Marokiem (2:0) i Senegalem (2:1), ale nie błysnął w nich i do końca turnieju już więcej nie zagrał. Zdobył za to ze swoim zespołem srebrny medal. W 2000 roku zdobył swoją pierwszą bramkę w kadrze – 17 czerwca w wygranym 2:0 meczu ze Sierra Leone.
W 2002 roku zdobył gola w meczu z Wybrzeżem Kości Słoniowej, jednak pomimo tego nie znalazł się w kadrze na Puchar Narodów Afryki 2002. Miał być rezerwowym dla kontuzjowanego Kanu, ale ten ostatecznie wyzdrowiał i Akwuegbu został odesłany do domu. W tym samym roku został powołany przez selekcjonera Festusa Onigbinde do 23-osobowej kadry na MŚ 2002, pomimo faktu, że w lidze chińskiej nie zdobył ani jednego gola.