Około 1411 roku ukończono budowę bazylikowego korpusu nawy głównej. Geneza skromnego kształtu katedry jest przedmiotem dyskusji wśród historyków sztuki, którzy przykładowo proponują pogląd, że wzorem dla niej była katedra w GnieźnieAndrzej Grzybkowski, „Gotycka Architektura Murowana w Polsce”, Warszawa 2014, s. 152. lub wzorów należy szukać wśród budowli wywodzących się z tradycji ukształtowanej w środowisku artystycznym Górnej Nadrenii, w tym Kościół Opactwa Cystersów w Salem. W 1392 roku odnotowano wydatki na pokrycie dachu. W 1411 nastąpiła pierwsza konsekracja katedry dokonana przez biskupa Jana Kropidłę. W XV i XVI wieku trwały prace nad masywem wieżowym i kaplicami. Czteroramienne sklepienia gwiaździste z przełomu XIV i XV wieku wywodzą się z architektury państwa zakonu krzyżackiego. Do naszych czasów zachowały się 22 kwatery gotyckich witraży pochodzących z okien prezbiterium, obecnie wyeksponowanych w Kaplicy Świętej Barbary.
W 2 połowie XV w. zaczęto wznosić kaplice wokół głównego korpusu kościoła. Przy nawie południowej w 1527 r. zbudowano Kaplicę św. Marcina i kapitularz, a w 1541 kaplicę Cibavit w 1541. W 1 ćwierci XVI w. dwie z kaplic (NMP i przeciwległą św. Kazimierza) przebudowano w stylu manierystycznym. Zostały one przekryte kopułami z latarniami.