Systemy działające w trybie 64-bitowym nie udostępniają możliwości uruchamiania aplikacji DOS i Win16. Wynika to z tego, że w trybie 64-bitowym () architektura x64 nie dysponuje trybem wirtualnym 8086, a jego programowe emulowanie (przez system) jest nieopłacalne z uwagi na niewielką liczbę stosowanych obecnie aplikacji DOS i Win16. Ponadto dzięki możliwościom wirtualizacyjnym i tak można w razie potrzeby łatwo emulować sprzętowo procesor x86 przy użyciu odrębnej aplikacji.
Podsystem integralności zajmuje się specyficznymi dla systemu operacyjnego funkcjami w zastępstwie podsystemu środowiska. Składa się z podsystemu bezpieczeństwa, usługi stacji roboczej i usługi serwera. Podsystem bezpieczeństwa obsługuje tokeny bezpieczeństwa, udostępnia albo blokuje dostęp do kont użytkowników, korzystając z praw dostępu do zasobów, obsługuje logowanie i inicjuje weryfikację loginu oraz decyduje, które zasoby systemowe muszą być audytowane przez Windows 2000. Ponadto obsługuje Active Directory. Usługa stacji roboczej to API dla readresatora sieciowego, który umożliwia dostęp komputera do sieci. Usługa serwera to API, które pozwala na udostępnianie przez komputer połączeń sieciowych.