Od sezonu 1997/98 rozgrywki składają się z 7 etapów: rundy pierwszej eliminacyjnej, rundy eliminacyjnej, 1/16 finału, 1/8 finału, ćwierćfinałów, półfinałów i finału. Mecz finałowy rozgrywany jest na różnych obiektach, choć zazwyczaj był to stadion Kadrioru, a potem A. Le Coq Arena w Tallinnie.
Zwycięzcy i finaliści Oficjalne:
Nieoficjalne: 1946-1991Rozgrywany był Puchar Estońskiej SRR
Oficjalne:
Uwagi: wytłuszczono nazwy zespołów, które w tym samym roku wywalczyły mistrzostwo i Puchar kraju, kursywą oznaczone zespoły, które w meczu finałowym nie występowały w najwyższej klasie rozgrywkowej. skreślono rozgrywki nieoficjalne.
Statystyki Klasyfikacja według klubów W dotychczasowej historii oficjalnych rozgrywek o Puchar Estonii na podium oficjalnie stawało w sumie 20 drużyn. Liderem klasyfikacji jest Levadia Tallinn, która zdobyła 11 pucharów.