Brak cząsteczek drugiego sygnału świadczy o tym, że dany antygen nie jest niebezpieczny, dlatego w przypadku, gdy danemu antygenowi, który jest rozpoznawany przez limfocyt Th, nie towarzyszy drugi sygnał, może dojść do dwóch podstawowych zjawisk: anergii klonalnej, która polega na zatrzymaniu funkcjonowania limfocytu Th na okres kilku miesięcy; w tym czasie nie może on być aktywowany przez żaden sygnał; delecji klonalnej, w wyniku której dany klon limfocytów Th ulega śmierci na skutek apoptozy.
Obydwa powyższe mechanizmy umożliwiają autotolerancję, czyli areaktywność na własne antygeny organizmu. Zagadnienia te szerzej są przedstawione w haśle tolerancja immunologiczna.