W tym momencie peptyd CLIP z rowka cząsteczki MHC klasy II jest zastępowany peptydem pochodzącym z antygenu. Pomocniczą rolę odgrywają tutaj nieklasyczne cząsteczki MHC klasy II: HLA-DO i HLA-DM. Teraz pozostaje już tylko transport kompleksów peptyd-MHC klasy II na powierzchnię komórki, co już niemalże umożliwia prezentację (patrz też dalej: koncepcja drugiego sygnału).
Przebieg prezentacji Głównym zadaniem prezentacji antygenu przez MHC klasy II jest rozwinięcie swoistej odpowiedzi odpornościowej. Podstawą jest więc oddziaływanie komórki prezentującej antygen z limfocytem T pomocniczym. Każdy taki limfocyt może swoiście rozpoznawać antygeny prezentowane przez cząsteczkę MHC klasy II za pomocą receptorów (TCR) znajdujących się na powierzchni komórki. TCR nie odróżnia jednak klasy MHC, dlatego niezbędne jest białko koreceptorowe, dokonujące takiego rozróżnienia, którym w przypadku limfocytów Th jest zwykle cząsteczka CD4 (dlatego limfocyty te określamy mianem komórek T CD4+). Takie podwójne oddziaływanie pozwala już rozpoznać antygen, jednak do pobudzenia niezbędny jest jeszcze tzw. drugi sygnał (zagadnienie to zostało przedstawione dalej). Jeżeli jest obecny zarówno pierwszy (TCR), jak i drugi sygnał, dojdzie do pobudzenia limfocytu Th, w wyniku czego przechodzi on transformację blastyczną.