Cmentarz jest jednym z cennych zabytków Warszawy. W latach 90. Fundacja Rodziny Nissenbaumów, Gmina Wyznaniowa Żydowska w Warszawie oraz inne organizacje dokonały odnowienia cmentarza, m.in. odrestaurowano studzienkę, wodotrysk z 1907, liczne groby, bramy wejściowe, oraz ocalałą z pożogi wojennej XIX-wieczną żelazną latarnię, która dziś po rekonstrukcji stoi na dziedzińcu przy wejściu na cmentarz. W międzyczasie wystawiono również kilka pomników. Od kwietnia 2010 działa Ochotniczy Hufiec Porządkowania Cm. Żydowskiego im. J. Rajnfelda, którego celem jest renowacja cmentarza. Jego spotkania odbywają się co miesiąc od kwietnia do listopada. W pracach Hufca uczestniczy zwykle kilkanaście osób. W dniu 14 kwietnia 2013 w akcji porządkowania cmentarza wzięło udział około 150 wolontariuszy. W drugiej dekadzie marca 2012 na długości kilkudziesięciu metrów zawalił się mur oddzielający nekropolię od Cmentarza PowązkowskiegoZawalił się mur na Cmentarzu Powązkowskim. Kilkadziesiąt zniszczonych grobów [ZDJĘCIA]..
Gmina Wyznaniowa Starozakonnych w RP starała się o odbudowanie budynku synagogi oraz domów przedpogrzebowych, lecz Gmina Wyznaniowa Żydowska w Warszawie nie wyraziła na to zgody.