W maju 2024 r. Katedra Bioróżnorodności Leśnej Uniwersytetu Rolniczego w Krakowie poinformowała, że w wyniku badań lidarowych na terenie Parku zidentyfikowano ponad 20 egzemplarzy jodły pospolitej, których wysokość przekraczała 50 m. Jest wśród nich okaz o wysokości 55,86 m i obwodzie pnia w pierśnicy wynoszącym 3,28 m, który ogłoszono najwyższym drzewem rodzimego gatunku, rosnącym w Polsce.
W lasach i na ich obrzeżach zakwitają: śnieżyczka przebiśnieg, pierwiosnek lekarski i pierwiosnek wyniosły, lepiężniki, żywiec gruczołowaty, miesiącznica trwała. Bardzo ciekawe i bogate gatunkowo są powstałe w wyniku wielowiekowej działalności człowieka łąki pienińskie. Z rzadszych roślin występują liczne tutaj gatunki storczyków: m.in. dwulistnik muszy, storczyk szerokolistny, storczyk bzowy, storczyk męski, a także rzadkiego i imponującego ostrożnia głowacza czy ciemiężycę zieloną. W murawach naskalnych dominuje sesleria skalna, występuje także smagliczka skalna, kostrzewa blada, na wapiennych piargach cienistka Roberta.