Działalność parku Dzięki licznym, trwającym już 150 lat badaniom naukowców szczegółowo udokumentowano florę i faunę parku. Zaraz po utworzeniu PPN w 1936 r. opracowano szczegółowy plan gospodarczo-leśny, który wykonano bardzo szczegółowo (m.in. policzono i pomierzono wszystkie drzewa i większe krzewy). Aby silnie zmienione przez kilkusetletnią działalność człowieka drzewostany przywrócić do naturalnych, prowadzi się ich przebudowę poprzez nasadzenia. Stanowiska występowania cennych okazów drzew są monitorowane, a w razie potrzeby podejmuje się czynne zabiegi ich ochrony. Bardzo ważne dla zachowania bioróżnorodności Pienin są łąki. Aby nie dopuścić do ich zarośnięcia lasem, są one systematycznie koszone, a siano jest wywożone. Na 20 półarowych poletkach tych łąk pracownicy parku co roku sporządzają tzw. zdjęcie fitosocjologiczne – spis wszystkich gatunków roślin naczyniowych. Dla zachowania różnorodności przyrodniczej i kulturowej utrzymuje się na Hali Majerz tzw. kulturowy wypas owiec. Uruchomiono specjalny program dla ochrony motyla niepylaka apollo: hodowla, znakowanie, monitoring, koszenie łąk, na których występuje. Dokonywana jest reintrodukcja niektórych gat., np. sokoła wędrownego. Specjalną ochroną objęto płazy.