Ponad 82% fauny kręgowców Parku (244 gatunki) podlega ochronie gatunkowej. Jest to 48% wszystkich chronionych w Polsce kręgowców. Wśród gatunków objętych ochroną zdecydowanie największą grupę stanowią ptaki – 185 gatunków, a następnie ssaki – 37 gatunków. Pozostałe gatunki należą do gromady płazów, gadów i ryb.
Szczególna ochrona bobrów Pierwsze stanowisko bobrów na terenie znajdującym się obecnie w granicach parku stwierdzono przy ujściu Czarnej Hańczy z Jeziora Wigierskiego w latach 1944–1949. Powołanie wyżej wymienionych rezerwatów oraz ochrona gatunkowa bobra przyczyniły się do wzrostu liczebności tych zwierząt i ich migracji na okoliczne tereny, dając początek liczącej blisko 5 tys. osobników populacji bobrów na Suwalszczyźnie. W samym Parku liczebność populacji bobra w połowie lat 90. ub. wieku osiągnęła ok. 250 szt. i od tej pory utrzymuje się na zbliżonym poziomieMisiukiewicz Wojciech: Bóbr w Wigierskim Parku Narodowym, w: „Parki Narodowe” nr 4/2000, 2 s. okładki.