Około 869 r. zmarł Cyryl, a w 880 r. papież Jan VIII utworzył nową prowincję kościelną obejmującą Wielkie Morawy. Arcybiskupem Moraw został Metody, który mimo trudności prowadził dalszą owocną chrystianizację. Po raz pierwszy wprowadził on słowiański język do liturgii – jako czwarty po hebrajskim, grece i łacinie. Biskupstwo było ulokowane w Nitrze. Świętopełk był mniej przychylny Metodemu niżeli Rościsław, jednak to on całkowicie uniezależnił księstwo wielkomorawskie od wpływów niemieckich. W tym czasie kler bawarski, uważając Morawy za swoją strefę wpływów, oskarżał Metodego o herezję. W tych okolicznościach jego działalność zanikła, jednakże 20 lat jego pracy spowodowało, że mieszkańcy Wielkich Moraw oswoili się z nową religią. Metody zmarł w 885 roku. Rok później umarł Świętopełk.
W 906 r. Wielkie Morawy dotknął niszczący najazd Madziarów (którzy od 895 również tworzyli zręby własnej państwowości na południe od Moraw). Osłabione państwo wielkomorawskie, rozdarte wewnętrznymi walkami między synami Świętopełka, Mojmirem II i młodszym Świętopełkiem II wkrótce rozpadło się.