Mex-pliki Program napisany w języku C lub Fortran możemy skompilować poleceniem mex. Wynikiem kompilacji jest otrzymanie pliku dynamicznie ładowanej biblioteki współdzielonej (w Microsoft Windows są to pliki *.dll) nazywanego mex-plikiem (skrót od Matlab EXecutable). Mex-plik można uruchomić z wiersza poleceń w oknie programu MATLAB tak jak zwykły m-plik.
Przygotowanie mex-pliku bywa kłopotliwe, ale kompilacja do mex-plików ma następujące zalety: możemy korzystać z programów i bibliotek napisanych w C lub Fortranie. wzrost szybkości obliczeń w porównaniu do m-plików. W tej kwestii w przyszłych wersjach programu MATLAB przewaga mex-plików będzie malała w stosunku do m-plików.
Mat-pliki (*.mat) Tymczasowe lub końcowe wyniki obliczeń możemy zapisywać do pliku tekstowego ASCII o dowolnej nazwie lub do pliku binarnego z rozszerzeniem *.mat – wówczas wszystkie liczby (całkowite i zmiennoprzecinkowe) zapisywane są w formacie zmiennoprzecinkowym z podwójną precyzją.