Dwa lata później wraz ze Zborowskimi przeszedł do opozycji sprzeciwiając się rosnącemu znaczeniu Jana Zamoyskiego. Walcząc z wielkopolskimi zwolennikami króla i kanclerza nawiązał kontakty z Habsburgami. W 1579 na sejmie odmówił płacenia podatków na wojnę, a w 1582 na sejmiku, a następnie na sejmie sprzeciwił się królewskim propozycjom zmian w wolnej elekcji. Był gorliwym luteraninem, podobnie jak bracia.
W 1583 zbliżył się do prymasa, który również był w opozycji do Batorego i Zamoyskiego. Popierał również Zborowskich, na rzecz których agitował w Wielkopolsce (szczególnie po ścięciu Samuela Zborowskiego i na sejmie w 1585, gdzie bronił Krzysztofa Zborowskiego).
Był członkiem konfederacji generalnej zawiązanej 7 marca 1587 rokuVolumina Legum, t. II, Petersburg 1859, s. 233.. Po śmierci Stefana Batorego, w 1587 roku podpisał elekcję Maksymiliana III Habsburga. Gdy dokonano podwójnej elekcji towarzyszył mu wraz ze swoją, liczącą sobie ponad tysiąc zbrojnych i artylerię, armią w drodze z Ołomuńca pod Kraków. W bitwie pod Byczyną dostał się do niewoli. Uwięziony został w Krasnymstawie, skąd wyszedł w 1588 bez zgody Zygmunta III Wazy na wolność (otrzymał jednak w 1589 amnestię). Po odzyskaniu wolności nie zaniechał działań opozycyjnych, jednak stopniowo tracił swoje wpływy.