Apostolskim administratorem tej części eparchii, która znalazła się pod okupacją węgierską, został mianowany biskup Dionýz Njarady. Za czasów Państwa Słowackiego bp Gojdič popadł w ostry konflikt z jego władzami, protestując przeciwko wywózkom Żydów do obozów koncentracyjnych. Po kolejnym konflikcie z władzami bp Gojdič poprosił o mianowanie władyką preszowskim innego duchownego, bardziej odpowiadającego władzom. Stolica Apostolska nie przyjęła jego rezygnacji – przeciwnie, 8 sierpnia 1940 został mianowany ordynariuszem eparchii preszowskiej.
Po II wojnie światowej diecezja preszowska liczyła 320 tysięcy wiernych w 241 parafiach. Posiadała 1 seminarium z 50 alumnami i około 300 księży.
Po krótkim okresie względnej swobody w latach 1945–1948 nadeszły pierwsze administracyjne ograniczenia w działalności cerkwi greckokatolickiej. Już w lutym 1948 czeska cerkiew prawosławna, która podlegała patriarsze moskiewskiemu, rozpoczęła w parafiach greckokatolickich kampanię na rzecz połączenia z prawosławiem. Rząd czechosłowacki powołał specjalny komitet, mający za zadanie przygotowanie powtórnego połączenia. Milicja miała zorganizować odpowiedni nacisk na parafian i księży. Ostateczna likwidacja odbyła się w 1950. 28 marca aresztowano biskupa Gojdiča i zdemolowano jego siedzibę.