Dopiero w 1989 władze państwowe przestały prześladować cerkiew greckokatolicką. Zwrócono ostatnie cerkwie zabrane w 1950 i resztę majątku, ponownie otwarto greckokatolickie seminarium duchowne w Preszowie, które po krótkim czasie włączono do Uniwersytetu Preszowskiego jako wydział teologii. 17 lutego 1990 dotychczasowy administrator diecezji preszowskiej ks. Ján Hirka odebrał święcenia biskupie.
Po rozpadzie Czechosłowacji władyka preszowski ustanowił dla Czech, Moraw i czeskiego Śląska wikariusza w osobie ks. Ivana Ljavinca. 18 stycznia 1996 Stolica Apostolska wyłączyła te ziemie z eparchii preszowskiej i powołała egzarchat apostolski dla grekokatolików z siedzibą w Pradze. 27 stycznia 1997 Stolica Apostolska utworzyła egzarchat apostolski dla grekokatolików w Koszycach. Administratorem apostolskim został dotychczasowy preszowski biskup pomocniczy Milan Chautur. 30 stycznia 2008 eparchia preszowska została podniesiona do rangi archieparchii, tworząc wraz z nowo utworzonymi eparchiami koszycką i bratysławską nową metropolię.