W latach 1939–1946 zrealizowali wspónie trzy monumentalne filmy o tematyce historycznej, Minin i Pożarski (1939), Suworow (1941) i Admirał Nachimow (1946) nagrodzony kolejną już Nagrodą Stalina. W latach II wojny światowej Wsiewołod Pudowkin wyreżyserował jeszcze dwa dramaty Uczta w Żyrmunce do scenariusza L. Leonowa i W imię Ojczyzny na podstawie sztuki Konstantina Simonowa Ludzie rosyjscy. Występował również jako aktor zarówno w swoich jak i cudzych produkcjach, m.in. w Iwanie Groźnym Eisensteina.
W 1950 reżyseruje ostatni film wraz z operatorem Anatolijem Gołownią Zwycięzca przestworzy o tematyce lotniczej. Ostatnim filmem reżysera było Odzyskane szczęście z 1953, zwiastujący koniec epoki schematycznego kina propagandowego w kinematografii ZSRR. Autorem zdjęć do ostatniego obrazu Pudowkina był Siergiej Urusiewski. Reżyser zmarł 30 czerwca 1953 roku w Rydze. Po śmierci reżysera, w latach 70. wydano jego dzieła zebrane.