Hydrografia Miasto leży nad jeziorami Niegocin, Kisajno (południowa część kompleksu Mamr), Tajty i Wojsak. Niegocin i Kisajno (przez zatokę Tracz) połączone są Kanałem Giżyckim (Łuczańskim), a Niegocin łączy się Kanałem Niegocińskim z jeziorem Tajty i dalej kanałem Piękna Góra z Kisajnem. Część miasta położona jest na tzw. Wyspie Giżyckiej, przesmyku z każdej strony otoczonego jeziorami i kanałami.
Na obszarze miasta przebiega dział wodny pierwszego rzędu zlewni rzeki Wisły (dopływu Pisy) i Pregoły (dopływu Węgorapy). Przebiega on na północ od jeziora Niegocin, a od Giżycka wznosi się na północ. Wody kompleksu jezior połączonych systemem kanałów i położonych na południe od działu wód powierzchniowych odprowadzane są przez rzekę Pisę i Narew do Wisły.
W rejonie Giżycka na sieć hydrograficzną składa się także wiele cieków małopowierzchniowych jezior i terenów podmokłych, nie występują jednak większe rzeki. Na terenie samego miasta leżą w całości jeziora Popówka Wielka (połączona hydraulicznie z jeziorem Kisajno) oraz Popówka Mała.