Po pół roku Próchnik wznowił wydawanie pisma (pod nazwą „Uwagi polityczne”) i od lutego 1941 nawiązał współpracę z grupą Barykada Wolności. Po połączeniu grupy z innymi tworzył konspiracyjną organizację Polscy Socjaliści stając na czele jej Komitetu Centralnego. We wrześniu 1941 z ramienia Polskich Socjalistów wszedł w skład Politycznego Komitetu Porozumiewawczego pod ps. „Artur” (na miejsce Kazimierza Pużaka z PPS – WRN, który ustąpił z Komitetu na znak protestu przeciwko układowi Sikorski–Majski).
Pod auspicjami przewodniczącego Rady Naczelnej PPS Zygmunta Żuławskiego prowadził rozmowy na rzecz połączenia Polskich Socjalistów z PPS-WRN.
Zmarł 22 maja 1942 na serce przygotowując się do negocjacji połączeniowych z PPS-WRN. Został pochowany na cmentarzu ewangelicko-reformowanym w Warszawie (W/4/22).
Był odznaczony Krzyżem Niepodległości, trzykrotnie Krzyżem Walecznych, pośmiertnie Orderem Krzyża Grunwaldu I klasy, Krzyżem POW, Krzyżem Obrony Lwowa i Austro-Węgierskim Medalem Rannych.