W sezonie 2008/2009 był rezerwowym, natomiast w kolejnych rozgrywkach, gdy trenerem Milanu był już Leonardo, Borriello stał się podstawowym środkowym napastnikiem w zespole.
31 sierpnia 2010, w ostatni dzień letniego okienka transferowego Borriello został wypożyczony do Romy na jeden sezon z opcją pierwokupuOFICJALNIE: Robinho w Milanie, Borriello w Romie!. Wcześniej do Milanu kupiono Zlatana Ibrahimovica, a właśnie 31 sierpnia pozyskano również Robinho. Wcześniej Borriello był bliski odejścia do Juventusu, ale działacze turyńskiej drużyny nie chcieli zgodzić się na transfer definitywnyBorriello: "Nie chodzi o zarobki".
1 stycznia 2012, pierwszego dnia okienka transferowego, wpłacjąc milion euro, Juventus F.C. wypożyczył, z opcją pierwokupu za 7,5 miliona euro, Marco Borriello z Romy. W lipcu 2012 roku wrócił do Genoi na zasadzie rocznego wypożyczenia.
Latem 2016 roku został graczem Carpi.