W czasie powstania warszawskiego był kapelanem zgrupowania „Żywiciel”. Zasłynął z heroicznej postawy odprawiając msze w skrajnie niebezpiecznych warunkach, ratując rannych i dbając o potrzeby materialne żołnierzy.
Po 1944 Po powstaniu, już w styczniu 1945, powrócił na Marymont. Działając w komitetach ekshumacyjnych zostaje bliskim współpracownikiem płk Jana Mazurkiewicza „Radosława”. Wykorzystując ocalone fundusze Armii Krajowej oraz legalne możliwości działania w ramach Komisji Likwidacyjnej współorganizuje z nim między innymi bursę dla sierot im. generała Stefana Roweckiego „Grota” oraz powstańcze kwatery na Wojskowych Powązkach.
Za tę działalność, w 1949 r. został aresztowany przez UB. Przy księdzu nie znaleziono materiałów propagandowych ani nie stwierdzono jego bezpośredniego związku z ukrywającymi broń byłymi podkomendnymi płk. „Radosława”. Rewizja wykazała jedynie 120 dolarów w złocie, które w toku śledztwa faktycznie okazały się złożonym przez „Radosława” depozytem. Pomimo tego Zygmunta Trószyńskiego uznano winnym próby zmiany przemocą ustroju państwa i skazano na 6 lat pozbawienia wolnościTomasz Łabuszewski, Sprawa „Radosława” – w kręgu urojonej konspiracji, [w:] Walka o pamięć.