W pobliżu Rynku (obecnie plac Michała Kajki) istniał od 1409 kościół parafialny, jego proboszczem w 1485 był ksiądz Stanisław, niewątpliwie Polak. W pobliżu miasta znajdowała się kaplica św. Jerzego należąca do braci zakonnych. W południowej części miasta istniał browar miejski, który czerpał wodę z jednej z czterech studni, przywilej warzenia piwa posiadały jedynie wybrane rodziny. W latach 1454–1466 podczas wojny trzynastoletniej Mrągowo zostało wielokrotnie ograbione i niszczone, w jej wyniku okoliczne ziemie zostały lennem Korony Królestwa Polskiego, pozostając pod administracją krzyżacką. w 1513 Albrecht Hohenzollern zezwolił na zmianę terminu wielkiego dorocznego jarmarku św. Marcina z 11 listopada na 6 grudnia, w związku z tym nowym patronem został św. Mikołaj.
Podczas wojny pruskiej 21 lipca 1520 miasto zostało zdobyte i spalone przez oddziały polsko-czeskie. 17 września 1527 przebywający w Mrągowie mistrz Albrecht Hohenzollern chcąc przyspieszyć odbudowę nadał przywilej cosobotnich „targów pod rozwiniętą chorągwią”. 24 czerwca 1698 wybuchł pożar, który strawił ponad 130 budynków, które stanowiły większą część zabudowy.