Zagrał z nią na Mistrzostwach Świata Juniorów w 1989 roku w Szkocji i był najlepszym zawodnikiem swojej drużyny, a sam Pelé uznał go za najlepszego gracza tamtego turnieju.
W pierwszej reprezentacji Nigerii Godwin Okpara zadebiutował 13 stycznia 1991 roku w zremisowanym 1:1 wyjazdowym meczu z Burkina Faso, rozegranym w ramach eliminacji do Pucharu Narodów Afryki 1992.
Przez lata nie pokazał jednak w pierwszej reprezentacji takiej klasy jak w kadrze U-17. Jednak w 1998 roku selekcjoner Velibor Milutinović docenił jego dobrą grę w RC Strasbourg i zabrał Okparę na Mistrzostwa świata we Francji. Tam Okpara zagrał na nietypowej dla siebie pozycji – środkowego pomocnika. Wystąpił w dwóch grupowych spotkaniach – z Hiszpanią (3:2) i z Paragwajem (1:3). Z Nigerią doszedł do 1/8 finału, w którym „Super Orły” przegrały 1:4 z Danią.
W 2000 roku był członkiem kadry Nigerii na Puchar Narodów Afryki 2000. Początkowo nie był jednak członkiem pierwszej jedenastki, ale z czasem wskoczył do składu i obok Taribo Westa był najlepszym nigeryjskim obrońcą na tym turnieju. Z Nigerią wywalczył wicemistrzostwo Afryki. W tym samym roku wziął udział w Igrzyskach Olimpijskich w Sydney, jako jeden z wybranych dwóch starszych zawodników. Z Nigerią doszedł do ćwierćfinału, w którym jego rodacy przegrali 1:4 z Chile.