Zakończyła się ona podpisaniem 4 sierpnia 1993 porozumień w Aruszy przez RFP i rząd Rwandy, przy pomocy USA i Francji. Porozumienia znacznie ograniczyły władzę prezydenta, większość władzy została przekazana Przejściowemu Rządowi składającemu się z RFP i pięciu partii tworzących koalicję. Ta sytuacja miała trwać do czasu przeprowadzenia powtórnych wyborów. W tym czasie nastroje nacjonalistyczne Hutu gwałtownie się zaostrzyły, a prezydenta Habyarimanę nazwano zdrajcą. Stacja radiowa RTLM, będąca własnością przywódców rządowych, prowadziła otwartą propagandę przeciwko Tutsi, określając ich jako podludzi. Radykalne grupy Hutu zaczęły gromadzenie na dużą skalę broni i szkolenia wojskowe.
W 1990 powołano bojówki pod nazwą Interahamwe („Walczący razem”) i Impuzamugambi („Mający wspólny cel”). Były to oddziały złożone głównie z młodzieży, w znacznym stopniu przestępców oskarżonych o rozmaite zbrodnie – od kradzieży po morderstwa. Oficjalnym zadaniem Interhamwe miało być w trakcie wojny domowej bronienie prezydenta i Kigali. Faktycznie były to jednostki, które w 1994 eksterminowały Tutsi. Wcześniej oddziały Interhamwe szkolone były przez Rwandyjską Armię, a także przez Francuzów.