20 maja 2000, w roku Wielkiego Jubileuszu, w imieniu Kościoła w Polsce dokonał publicznego rachunku sumienia, przepraszając m.in. za kolaborację niektórych księży w okresie PRL, życie duchownych ponad stan i uleganie nałogom oraz tolerowanie przejawów antysemityzmu. Osobiście wyraził skruchę, że mimo podejmowanych wysiłków nie zdołał ocalić życia księdza Jerzego Popiełuszki.
thumb|left|Józef Glemp podczas pogrzebu Lecha i Marii Kaczyńskich (2010) Jako arcybiskup warszawski erygował 119 parafii i konsekrował 61 nowo wybudowanych kościołów. Uczestniczył w 19 procesach beatyfikacyjnych i kanonizacyjnych. W grudniu 1989 reaktywował Caritas archidiecezjalną. Przyczynił się do utworzenia Papieskiego Wydziału Teologicznego w Warszawie i przekształcenia Akademii Teologii Katolickiej w Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego. Z racji sprawowania urzędu arcybiskupa metropolity warszawskiego był wielkim kanclerzem tych uczelni. Za jego pontyfikatu powstały w archidiecezji nowe ruchy katolickie. W 1990 erygował Archidiecezjalne Seminarium Misyjne Redemptoris Mater, prowadzone przez Drogę Neokatechumenalną.