Polska w EUI Polska zaczęła współpracę z EUI w roku 2000, natomiast polscy absolwenci uzyskali możliwość odbywania tutaj studiów doktoranckich w 2005 r., z chwilą, gdy Sejm ratyfikował Konwencję ustanawiającą Europejski Instytut Uniwersytecki. Polska posiada 8 głosów w Wysokiej Radzie (High Council), która składa się z państw-stron Konwencji i jest organem zarządzającym Instytutem. Wkład Polski do budżetu EUI wynosi 2,14 procent. Do tego trzeba doliczyć stypendia dla polskich doktorantów, które wynoszą 1250 euro miesięcznie, są przyznawane na okres czterech lat. W Instytucie działa Komitet Polski, który zrzesza Polaków tam studiujących. W grudniu 2013 Komitet przygotował ‘Poradnik dla kandydatów’ którego celem jest pomoc polskim studentom w procesie aplikacji na studia doktoranckie.
Wśród polskich wykładowców Instytutu byli m.in. Wojciech Sadurski i Jan Zielonka.
Programy nauczania EUI składa się z czterech departamentów: Nauk Politycznych i Społecznych, Ekonomii, Prawa oraz Historii i Cywilizacji, a doktorat w nich uzyskany należy do najbardziej cenionych w Europie. Ponadto, Instytut prowadzi roczne studia magisterskie LLM w zakresie prawa porównawczego, europejskiego i międzynarodowego.