W ślad za zapowiedziami wysłano do Palestyny grupy kwaterunkowe, celem ustalenia i przygotowania obozów dla jednostek. W trakcie prowadzonej organizacji została również przeprowadzona zmiana dyslokacji z garnizonu w Quizil Ribat w Iraku do obozów wojskowych w Palestynie. Dyslokacja odbyła się w dwóch rzutach, podróż kołowa trwała około pięciu dób. W myśl wydanych rozkazów z 29 czerwca 1943 pierwszy rzut wyjechał 2 lipca 1943. Obozami docelowymi były: Rehovoth, Al-Mughar, Yibna, Gedera, Bashit, Kefer Bill, Kefer Witkin i Sarafand. Wyjazdami kierowało Dowództwo Rejonu Etapowego Irak, a przyjęciami Dowództwo Rejonu Etapowego Palestyna.
Z uwagi na przygotowania do wysłania 2 Korpusu Polskiego na front w basenie Morza Śródziemnego, w myśl instrukcji Naczelnego Wodza z dnia 19 września 1943 celem dostosowania do etatów brytyjskich dokonano reorganizacji organów dowodzenia APW. W związku z tym z dniem 24 września 1943 rozwiązano Dowództwo Bazy i Etapów APW. Jego kompetencje rozdzielono na dowództwo APW, do jej poszczególnych agend, a funkcje terytorialne do Dowództw Rejonów Etapowych Irak, Palestyna, Egipt oraz Komendę Placu Teheran.