Jej członkowie zakładali białe ubrania, symbolizujące dusze poległych Konfederatów, choć zdaniem innych szata i kaptur mają nawiązywać do strojów wykorzystywanych w trakcie hiszpańskich i procesji. Od samego początku Ku Klux Klan przybrał charakter organizacji klanowej, a zadecydowało o tym pochodzenie narodowe kilku jego założycieli. Co najmniej dwóch z nich wywodziło się z tradycji celtyckiej, w której były silne struktury klanowe. Rozwój Ku Klux Klanu ułatwiło upodobanie Amerykanów z Południa do tajnych organizacji, fascynacja masonerią i wiara we własne posłannictwo dziejowe.
Wiosną 1867, podczas pierwszego zjazdu członków organizacji, nastąpiły istotne zmiany programowe i strukturalne. Pod wpływem bieżących wydarzeń (wprowadzenie okupacji wojskowej) postanowiono ustosunkować się do nowej rzeczywistości, stwierdzając to, że Ku Klux Klan będzie występował w obronie: Konstytucji, byłych żołnierzy Konfederacji oraz praw białej większości mieszkańców Południa. W tym celu rozproszone i pozostające w luźnym związku lokalne organizacje postanowiono zjednoczyć, przyjmując jednolitą i zhierarchizowaną strukturę. Na czele organizacji stał Wielki Mag bądź Wielki Czarownik () sprawujący władzę nad Niewidzialnym Imperium Południa ().