Podczas II wojny światowej został zbombardowany. 22 czerwca 1941 roku w czasie bombardowania miasta przez Niemców, bomba, która spadła na kościół przebiła sklepienie oraz posadzkę i wpadła do podziemi. Schroniło się tam wiele ludzi, m.in. ks. dr Wacław Siekierko, który wówczas zginął. Był on prefektem szkół średnich w Wilnie i obrońcą węzła małżeńskiego w Sądzie ArcybiskupimGrób ks. Wacława Siekierko znajduje się na cmentarzu Bernardyńskim w Wilnie.
Po wojnie kościół uniknął tragicznego losu wielu innych świątyń katolickich w Wilnie i przetrwał do czasów współczesnych, mimo że poważniejsze prace restauratorskie przeprowadzono dopiero w 1975 roku Obecnie służy wiernym jako kościół lokalnej parafii św. Rafała.
Msze święte są w nim odprawiane w językach polskim i litewskim.
Architektura Kościół, mimo niewielkich rozmiarów, widoczny jest z daleka dzięki swemu usytuowaniu na pagórku nad Wilią, bez sąsiedztwa innych większych budynków.
Jest to barokowa, trzynawowa świątynia w typie bazyliki, bez wyodrębnionego prezbiterium. Ozdobę świątyni stanowią dwie wieże.