Lata 2000–2008 W 2000 Związek Ojczyzny poniósł porażkę wyborczą. Lista krajowa uzyskała 8,62% głosów, co przełożyło się na 8 mandatów (z tego jeden przypadł przedstawicielowi Litewskiemu Związkowi Więźniów Politycznych i Zesłańców, którego kandydaci startowali z list TS), partia odniosła też tylko jedno zwycięstwo w okręgach jednomandatowych. Z kierowania ugrupowaniem w 2003 zrezygnował Vytautas Landsbergis, zastąpiony przez Andriusa Kubiliusa, który trzy lata wcześniej uzyskał lepszy wynik wyborczy.
W kadencji 2000–2004 Związek Ojczyzny pozostawał w opozycji do rządów najpierw liberałów, a następnie lewicy. Partia w 2003 wchłonęła Litewski Związek Prawicy, utworzony dwa lata wcześniej z połączenia czterech małych pozaparlamentarnych stronnictw (w tym niedawnych rozłamowców z Ojczyźnianej Partii Ludowej Vidmantasa Žiemelisa oraz kierowanej przez Sauliusa Pečeliūnasa Litewskiej Partii Demokratycznej). W tym samym roku konserwatystów zasilił dotychczasowy lider Socjaldemokracji 2000, Rimantas Dagys. W 2004 do TS przyłączył się ostatecznie Litewski Związek Więźniów Politycznych i Zesłańców.