Dynamiczny przyrost wydawnictw, zwłaszcza ze strony IB PAN, powodował gwałtowne kurczenie się wolnych powierzchni magazynowych i konieczność zagospodarowania dodatkowych pomieszczeń z przeznaczeniem na magazyny zbiorów. W 1968 Biblioteka otrzymała, w nowym pięciokondygnacyjnym budynku, wybudowanym w sąsiedztwie już istniejącego, przestronne pomieszczenie, do którego przeniesiono wszystkie czasopisma i część książek. Prace te, połączone z melioracją katalogu i zmianą sygnatur, ukończono w 1969 roku. Kolejny magazyn, zlokalizowany tym razem przy ul. Kopernika 27, oddano w użytkowanie Bibliotece dopiero w 1980 r. Lokalizacja ta wymagała kompleksowej selekcji księgozbioru pod kątem czytelnictwa. Ostatecznie w magazynie umieszczono wybrane tytuły, najrzadziej wykorzystywanych czasopism i znaczną część broszur.
W styczniu 2002 Instytut Botaniki UJ przekazał bibliotece, w obrębie ul. Kopernika 27, wyremontowane pomieszczenie z przeznaczeniem na magazyn, wyposażone w szafy kompaktowe. W magazynie tym, obok wcześniej wybranych tytułów czasopism, znalazły swe miejsce wszystkie broszury i część książek.