thumb|240px|Ruiny zamku Radziwiłłów na Górze Zamkowej thumb|240px|Ruiny kościoła kalwińskiego na Górze Zamkowej thumb|240px|Pogrzeb Radziwiłłów Do początku XVI wieku Dubinki razem z Mejszagołą były pod zarządem królewskich namiestników, później stały się własnością Radziwiłłów, a Jerzy Radziwiłł rozpoczął budowę murowanego zamku. Po śmierci hetmana w 1541 roku miasteczko odziedziczył jego syn Mikołaj Radziwiłł Rudy, który w 1564 roku został protestantem i przyjął wyznanie kalwińskie. Od tego czasu Dubinki były jednym z ważniejszych ośrodków reformacji na Litwie. Siostra Mikołaja Barbara Radziwiłłówna (znana z romansu z królem Zygmuntem II Augustem) mieszkała w Dubinkach pod czujną opieką brata przez kilka miesięcy (zimą 1547-1548). W czasie Potopu jako własność Bogusława Radziwiłła zostały splądrowane przez wojska lojalne królowi polskiemu, a następnie mu odebrane jako banicie. Powróciły w ręce Radziwiłłów w drugiej poł. XVII wieku. Jeszcze w 1642 roku katolicy rozpoczęli proces sądowy przeciwko dubińskim kalwinom o zabór ziemi i ruchomego majątku byłej parafii katolickiej w Dubinkach. Katolicy proces wygrali. W 1672 roku kosztem Ludwiki Karoliny Radziwiłłówny na wzgórzu koło miasteczka wzniesiono nowy drewniany kościół katolicki (taki był wyrok sądu – Grzechy przodków mają naprawić ich potomkowie).