W 1993 roku zaczęły się jego problemy z Niemieckim Związkiem Narciarskim (DSV). Niedługo potem Mühlegg oskarżył trenera niemieckiej kadry o to, że wyrządził mu "duchową krzywdę"Frankfurter Allgemeine Zeitung. Johann Mühlegg: Skurril, schrullig, schräg . Został po tym wyrzucony z kadry w 1995 roku, ale wkrótce został do niej przywrócony. Jego ekscentryczne zachowanie, jak na przykład noszenie przy sobie butelki wody święconej i jej picie spowodowało, że w 1998 roku został na stałe wykluczony z reprezentacji Niemiec. 11 listopada 1999 roku uzyskał hiszpańskie obywatelstwo i od tej pory reprezentował Hiszpanię aż do zakończenia kariery.
Jego olimpijskim debiutem były igrzyska w Albertville w 1992 roku. W swoim najlepszym starcie indywidualnym, w biegu na 50 km stylem dowolnym zajął siódme miejsce. Dwa lata później, podczas igrzysk olimpijskich w Lillehammer zajął między innymi ósme miejsce w biegu pościgowym 10+15 km oraz dziewiąte miejsce na dystansie 30 km techniką dowolną. Ponadto wraz z kolegami z reprezentacji zajął czwarte miejsce w sztafecie. Niemcy przegrali walkę o brązowy medal z reprezentantami Finlandii. Na igrzyskach olimpijskich w Nagano powtórzył swoje osiągnięcie z Albertville zajmując 7. miejsce w biegu na 50 km stylem dowolnym. W 1991 roku wystartował na mistrzostwach świata w Val di Fiemme zajmując 15.