Na tych samych mistrzostwach Mühlegg zdobył złoty medal w biegu na dystansie 50 km techniką dowolną, bezpośrednio wyprzedzając drugiego na mecie René Sommerfeldta z Niemiec oraz brązowego medalistę Siergieja Krianina z Rosji.
Najlepsze wyniki w Pucharze Świata osiągnął w sezonie 1999/2000, kiedy to triumfował w klasyfikacji generalnej, w klasyfikacji biegów średniodystansowych zdobył małą kryształową kulę, a w klasyfikacji długodystansowej był drugi. Ponadto w sezonie 2000/2001 zajął drugie miejsce w klasyfikacji generalnej. Łącznie 12 razy stawał na podium zawodów Pucharu Świata, w tym 7 razy zwyciężał.
Osiągnięcia Igrzyska olimpijskie Miejsce Dzień Rok Miejscowość Konkurencja Czas biegu Strata Zwycięzca10.13 lutego1992 Albertville10 km stylem klasycznym27:36,0 +2:53,4 Vegard Ulvang16.15 lutego1992 Albertville10+15 km pościgowy 1:05:37,9 +3:09,9 Bjørn Dæhlie6.18 lutego1992 AlbertvilleSztafeta 4 × 10 kmSkład drużyny: Holger Bauroth, Jochen Behle, Torald Rein, Johann Mühlegg1:39:26,0 +4:15,7 7.22 lutego1992 Albertville50 km stylem dowolnym2:03:41,5 +4:03,7 Bjørn Dæhlie9.14 lutego1994 Lillehammer30 km stylem dowolnym1:12:26,4 +3:16,4 Thomas Alsgaard17.17 lutego1994 Lillehammer10 km stylem klasycznym24:20,1 +1:30,5 Bjørn Dæhlie8.19 lutego1994 Lillehammer10+15 km pościgowy 1:00:08,8 +2:22,4 Bjørn Dæhlie4.22 lutego1994