Na początku lat XXI wieku utworzono Instytut Studiów nad Wodą, a w 2003 roku zapoczątkowano program szkoleniowy dla pilotów Sił Powietrznych Izraela.
W 2005 roku kampus uniwersytecki w Beer Szewie nazwano imieniem rodziny Marcus. W 2006 roku na Uniwersytecie Deutsche Telekom otwarła swoją pierwszą placówkę badawczą poza granicami kraju. W trakcie drugiej wojny libańskiej Uniwersytet udostępnił swoje budynki zagrożonym ostrzałami rakietowymi mieszkańcom północnego Izraela. W 2009 roku liczba studentów wyniosła ponad 20 000. Rządowa decyzja o przeniesieniu większości placówek wywiadowczych na południe kraju zaangażowała w to przedsięwzięcie także Uniwersytet, co przyczyniło się do rozbudowy kampusu. We wrześniu 2013 roku otwarto The Advanced Technologies Park, który jest inicjatywą władz miasta i Uniwersytetu i ma być siedzibą firm hi-tech na południu kraju. Swoje placówki badawcze otwarły tu IBM, Oracle, Lockheed Martin, Dell-EMC i Deutsche Telekom. W ramach tej inicjatywy doszło do współpracy armii, rządu i Uniwersytetu w dziedzinie cyberbezpieczeństwa. mały|240x240px|Jeden z uniwersyteckich budynków