Miejscowość otrzymała w 1299 roku prawa miejskie, a w 1346 roku w Cedyni powstała instytucja sądu. Pomiędzy 1373 a 1402 we władaniu Korony Czeskiej. Sfinalizowane zostały rozmowy w sprawie zakupu miasta i regionu przez Polskę, jednakże w 1402 król Zygmunt Luksemburczyk sprzedał Nową Marchię z miastem Zakonowi krzyżackiemu. Od 1452 roku burmistrza zaczęła wybierać rada miejska złożona ze starszyzny. Po wybuchu wojny trzynastoletniej w 1454 Krzyżacy sprzedali miasto Brandenburgii, w której władzę wówczas sprawował Fryderyk II, w celu pozyskania środków na prowadzenie wojny. Pod wpływem rozwoju ruchów reformatorskich w 1555 roku nastąpiła sekularyzacja zakonu, a ostatnia mniszka opuściła mury klasztoru w 1611 roku. Zabudowę przejęło miasto. Podczas wojny trzydziestoletniej Cedynia była zajęta przez Szwedów, a w 1631 roku król szwedzki Gustaw II Adolf wybrał sobie to miasto na swoją siedzibę. W 1637 roku pod miastem rozegrała się bitwa, w wyniku której poważnie ucierpiała zabudowa miasta, a zabudowania klasztorne popadły w ruinę. W 1641 roku elektor Fryderyk Wilhelm I nakazał przebudować ruiny klasztoru na barokowy pałacyk myśliwski. Koniec XVII wieku był dla miasta tragiczny, ponieważ w 1699 roku zabudowę zniszczył wielki pożar, a kilka lat wcześniej Cedynię nawiedziła epidemia dżumyPiotr Skurzyński, "Pomorze", Wyd.