Po przejściu Politcentru irkuckiego 21 stycznia pod kontrolę bolszewików, 7 lutego 1920 Kołczak został przez nich rozstrzelany.

W trakcie ewakuacji korpus utrudniał równoległy transport żołnierzy polskiej 5 Dywizji Strzelców Polskich (Syberyjskiej) pod dowództwem płk. Waleriana Czumy, która zgodnie z ustaleniami sprzymierzonych, miała stanowić straż tylną wycofujących się oddziałów białych. Na skutek tego, 5 Dywizja została odcięta przez bolszewików. Tylko nieliczni żołnierze polscy zdołali się wycofać i po transporcie morskim przez Pacyfik i Morze Śródziemne trafić na front wojny polsko-bolszewickiej w lipcu 1920 roku.

Do 2 września 1920 roku wszyscy żołnierze Korpusu Czechosłowackiego opuścili drogą morską tereny dalekowschodniej Rosji, po czym przez Europę Zachodnią dotarli do Czechosłowacji. Ewakuowano 56 459 żołnierzy i 11 271 cywilów. W walkach na terenie Rosji poległo 4112 żołnierzy Korpusu.

Organizacja Korpus Czechosłowacki: 1 Husycka Dywizja Piechoty 1 Pułk Piechoty „Jan Hus” 2 Pułk Piechoty „Jiří z Poděbrad” 3 Pułk Piechoty „Jan Žižka z Trocnova”