Po ogłoszeniu mobilizacji stawił się w Krakowie, gdzie objął funkcję pierwszego adiutanta Józefa Piłsudskiego. Wziął udział w kampanii kieleckiej i walkach nad Wisłą. Po utworzeniu Legionów otrzymał stopień podporucznika piechoty (9 października 1914). Cztery dni później zostaje mianowany przez Piłsudskiego pierwszym komendantem utworzonej w sierpniu celu walki z zaborcą rosyjskim Polskiej Organizacji Wojskowej. 22 października przybył do Warszawy. Tutaj tworzył podwaliny organizacji, głównie na bazie dawnych współpracowników z PPS oraz Drużyn Strzeleckich. Rozwijał działalność organizacji w Warszawie i okolicy, Radomiu, guberni lubelskiej i siedleckiej, a także w Wilnie i Grodnie.
Współpracował z Janem Bielawskim i Tomaszem Arciszewskim, tworząc na początku listopada 1914 Oddział Lotny Wojsk Polskich. Jako komendant POW dokonał zaprzysiężenia oddziału i mianował na jego pierwszego dowódcę Jana Bielawskiego. Uczestniczył w kilku akcjach zbrojnych przeprowadzonych przez Oddział, m.in. pod Grodziskiem, w Warszawie, pod Tłuszczem. Uczestniczył także w maju 1915 w brawurowej akcji w fortach Brześcia zaplanowanej i kierowanej przez Józefa Korczaka.