Panel sterowania, w którym użytkownicy mogą zmieniać ustawienia do dostosowywania Windows oraz sprzętu, również został zaprojektowany na nowo jako okno zawierające ikony.
Sterowniki dołączane do Windows 3.0 obsługują do 16 kolorów z palet EGA, MCGA lub VGA, w przeciwieństwie do wcześniejszego maksimum wynoszącego 8 barw, choć środowisko operacyjne obsługuje karty graficzne, które oferują rozdzielczości ekranu i liczbę kolorów przewyższające VGA. Windows 3.0 wprowadził także Menedżera palet (), zestaw funkcji umożliwiających aplikacjom zmianę palety kolorów kart graficznych wyświetlających do 256 kolorów w celu użycia potrzebnych kolorów. W przypadku gdy wyświetlane okna przekraczają limit 256 barw, Windows 3.0 nadaje wyższy priorytet aktywnemu oknu do wykorzystania barw danej aplikacji bez potrzeby stosowania ditheringu, a następnie wypełnia określone obszary.