Lara zostaje wynajęta przez bogatą bizneswoman, Jacqueline Natlę, która zleca Larze odnalezienie w Peru grobowca Qualopeca, władcy mitycznej Atlantydy, oraz pochowanego razem z nim jednej z trzech części Dziecięcia Atlantydy. Gdy Lara dociera do grobowca i zdobywa pierwszy fragment artefaktu, zjawia się pracownik Natli, Larson. Próbuje on zabić Croft oraz odebrać jej fragment Dziecięca Atlantydy. Lara obezwładnia przeciwnika i wyciąga od niego informacje na temat trwających poszukiwań drugiego fragmentu. Postanawia odnaleźć pozostałe części Dziecięcia. Chcąc dowiedzieć się czegoś więcej, dokonuje włamania do biura Natli, gdzie dowiaduje się, że kolejny element artefaktu znajdzie w ruinach monastyru św. Franciszka w Grecji. Na miejscu jest już rywal Lary, Pierre Dupont. Wnętrze klasztoru okazuje się kryć korytarze prowadzące do pałacu mitycznego króla Midasa, a stamtąd – do grobowca Tihocana, drugiego z władców Atlantydy. Lara łączy posiadane fragmenty Dziecięcia, a jej oczom ukazuje się wizja osądu nad jednym z władców Atlantydy oraz miejsce ukrycia ostatniej części artefaktu – egipską świątynię.